鱼缸中残饵和排泄物等有机物的积累会引起水质恶化。水体中有机物有两种形式存在。一种是尚未溶解的颗粒状固体有机物，另一种是已溶解于水中的有机物。已溶解的有机物被细菌分解会变成有毒的氨氮和亚硝酸盐，如果水体中生长有足够数量的有益细菌（如硝化细菌）就会把有毒的氨氮和亚硝酸盐分解成无毒的物质（硝酸盐）。因此，水质净化有两个目的：①把尚未溶解的固体有机物过滤丢；②培养足够数量的硝化细菌，分解水体中有毒的氨氮和亚硝酸盐。

    具体的处理方法有两种：
    第一种，使用水处理循环设备。大型、中型鱼缸使用循环过滤设备，小型鱼缸可使用生化棉。商品化的水处理循环过滤设备的种类很多，有内置式，外置式等，也可以自己制造，大致的结构由三部分组成。①不锈钢或塑料制成的圆筒形外壳；②圆筒内放过滤棉、石英砂、塑料生化球或生化陶瓷环等；③小型水泵及道管。过滤棉、石英砂的作用是把水体中大颗粒有机物截留下来，因此经常需要清洗。
    生化球和陶瓷环的作用是作为培养有益细菌的载体，用专业的术语来说是培养生物膜，主要是培养足够数量的有益细菌，把水体中有毒的氨氮和亚硝酸盐分解为无毒的硝酸盐。
    小型鱼缸可配备1-2只生化棉和一个充气泵。生化棉兼有过滤固体有机物和培养细菌的功能。
    第二种，是定期添加有益细菌。有益细菌的品种很多，常见的有光合细菌、硝化细菌、芽孢杆菌等。市场上销售的产品大多数是复合菌。如一种日本产的叫EM的产品，有四大类80多种菌种组成。
    有人做过试验，定期添加有益细菌，鱼缸中的水可以一年不换水